Eaux de Vienne est piloté par des élus et organisé en six directions.

Président
Directrice générale des services

Directeur général adjoint
Directrice des ressources humaines
Directeur de la prospective
Directeur de l’exploitation
Directeur de l’administration, des finances et de la clientèle
Directeur de la recherche, de l’innovation et du développement
Directeur de l’eau et des systèmes d’information